(1) жабдықты таңдау. Фармацевтикалық жабдықты таңдауда тәжірибеге сүйене отырып таңдау (нақты есептеусіз немесе деректерді жеткіліксіз есептеу), жетілдіруге соқыр ұмтылу және физикалық деректерді жеткіліксіз зерттеу сияқты кейбір мәселелер бар, бұл жабдықтың практикалық қолданылуы мен үнемділігіне айтарлықтай әсер етеді.

(2) жабдықты орнату және оқыту. Фармацевтикалық жабдықты орнату процесінде құрылыстың барысына жиі назар аударылады, құрылыс сапасы ескерілмейді, бұл кейінгі кезеңде жабдықты күтіп ұстау шығындарының артуына әкеледі. Сонымен қатар, жабдықты күтіп ұстау және пайдалану персоналын оқытудың жеткіліксіздігі фармацевтикалық жабдықты басқару және күтіп ұстау үшін де қауіп төндіреді.

(3) ақпараттандыруды басқаруға және қолдауға инвестициялардың жеткіліксіздігі. Қазіргі уақытта көптеген кәсіпорындар жабдықтарды басқару мен қолдауға, сондай-ақ жабдықтарды күтіп ұстау жазбаларын басқаруға және негізгі параметрлерді есепке алуға үлкен мән бергенімен, кейбір мәселелер әлі де бар, мысалы, техникалық қызмет көрсетуді жалғастыру туралы деректерді беру қиын, фармацевтикалық жабдықтардың сипаттамалары туралы тиімді ақпараттың, мысалы, сипаттамалардың, сызбалардың және т.б. болмауы, бұл көрінбейтін жабдықты басқару, техникалық қызмет көрсету және қайта құру қиындықтарын арттырды.

(4) басқару жүйесі. Тиімді басқару жүйесі мен әдістерінің болмауы фармацевтикалық жабдықтарды басқару персоналының жеткіліксіздігіне, техникалық қызмет көрсету персоналының жұмысының стандартталмауына, фармацевтикалық жабдықтарды басқару мен техникалық қызмет көрсету процесінің қауіпсіздігіне қауіп төндіреді.